חומרים אורגניים מצויים במים בצורה של תרכובות טבעיות וטכנו גניות. התרכובות הטבעיות כוללות חומצות humic וfulvic- והתשלובות שלהן, כולל תשלובתן עם ברזל.
התרכובות הטכנו גניות נוצרות כתוצאה ממעשי אדם. אלה כוללות תוצרי לוואי הנוצרים כתוצאה מטיפול במים בכלור פעיל, כולל החומרים הרעיל והמסרטנים ביותר-דיוקסינים.
מזהמים אורגניים קיימים בגדלים שונים שונה ומשקל מולקולרי משתנה.
ניתן לסלקם אותם מהמים בשתי שיטות:
• השמדה (חמצון) עד CO2 ו-H2O;
• חילוץ.
ההשמדה נעשית באמצעות מחמצנים חזקים כגון כלור, חמצן, אוזון, ואור אולטרא-סגול מוגבר.
חילוץ של תרכובות אורגניות יכול להתבצע על ידי ספיחה, קרישה ושימוש בממברנות.
